Affinity Fine-Tuning of Boltz-2: An Open Framework for Protein-Ligand Potency Prediction in Drug Discovery
本論文は、リード最適化におけるタンパク質 - リガンド結合親和性の予測能力を大幅に向上させるために、プロジェクト固有の実験データを用いて Boltz-2 をファインチューニングするためのオープンなフレームワークを導入し、自由エネルギー摂動法と競合する性能を達成するものである。
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molecular biology
204 件の論文
分子生物学は、命の仕組みを最小単位である分子レベルで解き明かす学問です。DNA からタンパク質まで、細胞がどのように動き、情報を伝え、生命活動を支えているのかを明らかにするこの分野は、現代医学やバイオテクノロジーの基盤となっています。
Gist.Science では、bioRxiv から投稿される分子生物学の最新プレプリントをすべて網羅的に収集し、専門家の手で解説しています。難解な専門用語を噛み砕いた平易な要約と、深い洞察が得られる技術的な詳細の両方を提供することで、研究者だけでなく広く科学に興味を持つ方々も最新の知見をすぐに取り込めるようにしています。
以下に、bioRxiv から新たに公開された分子生物学の論文リストを掲載します。最新の研究動向をぜひご覧ください。
In vitro-reconstituted Drosophila Arc capsids deliver gene editors to dystrophic muscle
本研究は、哺乳類受容体 SORCS2 に結合するように設計された、in vitro で再構成されたショウジョウバエ Arc1 カプシドが、mdx マウスのジストロフィー筋へ Cas9 遺伝子編集子を効率的に送達し、顕著なエクソンスキッピングとジストロフィン発現の回復を達成することを示している。
Cohesin collisions maintain ordered nucleosome architecture at boundaries and promoters
本研究は、CTCF 結合部位および転写開始部位において、CTCF の占有のみではなく、コヒーシンを介したループ抽出の衝突が秩序だったヌクレオソーム構造を能動的に維持することを明らかにした。
De novo designed cyclic MC4R peptide agonist reduces food intake in mice
本研究は、深層学習を用いて新規の環状 MC4R 作動薬を設計・最適化・検証し、高い効力を示しマウスの摂食量を有意に減少させることで、de novo ペプチド創薬のための汎用可能なエンドツーエンドワークフローを確立する。
Divergent RNA structures support accurate splicing of the SF3B1-sensitive MAP3K7 intron
本研究は、MAP3K7 イントロンに対するハイスループット変異誘発と SHAPE-MAP 解析を通じて、SF3B1 変異の文脈においてクリプティックスプライスサイトの活性化の主要な駆動力は分岐点変異である一方、正確なスプライシングは特定の RNA 結合タンパク質ホットスポット内を除いて単一の保存構造ではなく広範な RNA 構造の可変性によって維持され、これらのホットスポット内では構造の類似性がスプライシングの結果と相関することを明らかにする。
Easymode: general pretrained networks for cellular cryo-ET enable flexible approaches to subtomogram averaging
本論文は、4,000 以上の傾斜シリーズで学習された事前学習済み汎用セグメンテーションネットワークのライブラリである Easymode を紹介し、細胞内クライオ電子トモグラフィーにおけるマクロ分子の同定、抽出、分析のための柔軟かつ学習不要なワークフローを可能にするものであり、IMPDH フィラメントの 4.0 Å 原位構造の決定とその細胞環境のマッピングによって実証されている。
Does Low Dose Radiation Induced Adaptive Response Influence Initial DNA-DSB formation? Evidence from γH2AX foci Analysis in Human Lymphocytes
本研究は、低線量放射線誘発ヒトリンパ球の適応応答が、プライミング後15時間で最大となる保護効果を示すとともに、時間依存性および細胞種特異的な様式で初期DNA二本鎖切断シグナリング（γH2AX フォーシによる測定）を有意に低減することを示している。
Affinity-tag-based microfluidic protein isolation enables high-resolution Cryo-EM from minimal starting material
本論文は、最小限の細胞溶解液または in vitro 翻訳反応液からアフィニティタグを用いてタンパク質を直接捕捉し、光放出する汎用的なマイクロ流体戦略を提示するものであり、これにより従来のワークフローに比べて試料消費量と調製時間を劇的に削減しつつ、高分解能のクライオ電子顕微鏡構造決定を可能にする。
Mapping the Architecture of Protein Complexes in Arabidopsis Using Cross-Linking Mass Spectrometry
本研究は、最適化された PhoX 架橋質量分析ワークフローによって生成されたシロイヌナズナの大規模構造プロテオミクス資源を提示するものであり、これにより 52,000 を超える架橋ペプチド対が同定され、それらは数千のタンパク質間相互作用を定義し、光化学系、リボソーム、ヒストン複合体などの多様な分子機械に対するアミノ酸残基レベルの空間的制約を提供する。
Immunometabolic Remodeling of Perivascular Adipose Tissue in Murine Lupus: Implications for Lupus Vasculopathy
本研究は、マウスループスにおいて胸大動脈周囲脂肪組織が、インターフェロン駆動性の炎症、ミトコンドリアの生物エネルギー学的機能不全、および獲得された脂肪形成前駆細胞の分化障害を特徴とする協調的な分子リプログラミングを受け、これらが総じてループス関連血管症を駆動することを示している。